Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма разворачиваются в Академия-Сити сразу после завершения строительства космического лифта «Эндимион». Главный герой, Томо Камидзё, и его друг Индекс неожиданно сталкиваются с Арисой Мэйго, девушкой с нулевым уровнем магических способностей. Несмотря на её неприметность, Арисы начинают преследовать представители «Ассоциации магов», которые вторгаются в Академия-Сити с неясными целями.

В ответ на эту угрозу, в городе формируется движение сопротивления, возглавляемое Шатаурой Секвенция. Главные герои, Томо и Индекс, вступают в это движение, чтобы защитить свой город от нависшей опасности. В ходе борьбы они узнают, что Арисы преследуют не просто так, а из-за её уникальных способностей, которые могут стать ключом к разжиганию войны между миром Магии и миром Науки.

Встреча с Стэйлом Магнусом, влиятельным лидером, раскрывает перед Томо и Индекс новые детали этой тайны. Стэйл предупреждает, что Арисы могут использовать как оружие в грядущей конфронтации. Теперь главным героям предстоит не только защищать свой город, но и разгадать загадку Ариса Мэйго, чтобы предотвратить катастрофу и найти способ мирного сосуществования Магии и Науки.